九十九學年度起本系由【課程設計與潛能開發學系、國民教育研究所、課程與教學研究所、教育研究所、多元文化教育研究所、科學教育研究所】整併為一個學術單位，整併後內含大學部學士班一班，研究所有碩士班四班（教育碩士班、教育碩士在職專班、多元文化教育碩士班、科學教育碩士班），及博士班三班（教育博士班、多元文化教育博士班、科學教育博士班）。一〇五年八月更名為『教育與潛能開發學系』。一一三年八月本系之「多元文化教育碩、博班」停招（同時新設於花師教育學院「多元文化教育碩、博班」）。

本系前身為省立花蓮師範學院【初等教育學系】（簡稱【初教系】），成立於民國76 年，以培養健 全之國民小學師資，教育行政與教育學術研究人才為宗旨，並以增進學生豐富的教育專業、心理輔導、教育 行政等專業知能，以及研究國民教育之基本能力為設系目標。 本系於成立初期，師資及課程結構皆分為【行政組、輔導組、特教組、音樂組、美勞組、 體育組】等六組， 學生於大三時開始選組，並分組教學。從民國81年起各組教師逐漸離開初教系獨立創立相關系所，以下為歷年來本系相關系所之創立及演變沿革：

 

103.2～105.7	劉唯玉
105.8～110.7	劉明洲
110.8～113.7	劉佩雲
113.8~	林意雪